En 1580 los canteros Gabriel de Urrelo de Burgui y Pedro Goyeneche de Isaba, inspeccionaron los daños de la riada de aquel año y trabajaron en la reparación de “tres arcadas que necesitan sus remiendos”.
En el invierno de 1642-1643 las riadas causaron graves daños en el puente y en el molino, en concreto las que hubo por “carnestolendas” (carnaval). Para sufragar los gastos de su reparación la villa solicitó licencia al Real Consejo del Reino para arrendar el mesón, o posada, durante un espacio de diez años.
En la noche del 24 de septiembre de 1787 otra fuerte riada se llevó por delante uno de los ojos del puente, quedando roto otro de los ojos. Un documento existente en el Archivo General de Navarra alude al estado en que quedó el puente, especificando que “el tercer arco que contiene este, que se halla pasando hacia la nevera que está por la parte de Aragón, se hace preciso reedificarse en sus dos ángulos todo lo que está derruido en fuerza de la furia de dicha riada, con piedra de la misma magnitud, especie o calidad, trabajada con el mismo cuidado que la que demuestra la que hoy existe echando unas grapas de fierro de á tercia, lo menos de tres a tres hiladas, que abracen la obra nueva con la vieja, y emplomándolas en el visto de sus ojos”.
Incluso el técnico que valoró los daños opinaba “que se deberá construir de planta un arco más del que contiene el mismo puente principal para su mayor seguridad”, arco este que se construyó en el extremo opuesto al pueblo. Este nuevo arco se diseñó para que fuese de 31 pies “poco más o menos, trabajado con piedra de buena calidad y con el mismo arte que los demás arcos”.
